یونانیها با آنکه با خطر اجتناب ناپذیر مواجه بودند، هنوز از تفرقه به اتحاد نمیگراییدند. در حقیقت رقابت دیرینهای بین آتن و اسپارت وجود داشت. در این ایام آتن برخلاف اسپارت نسبت به ایران اظهار انقیاد یا وفاداری کرده بود، با این حال هنگامی که شورشهایی در شهرهای یونانینشین به ویژه پیرامون دریای اژه، مرمر و قبرس آغاز شد، اسپارتها، حاضر به حمایت از شورشگران نشدند و این آتنیها بودند که به شورشیان کمک کردند.
در سال ۴۹۶ پ.م شورشیان به همراهی آتنیها شهر سارد (پایتخت سابق لیدیه) را آتش زدند اما تسخیر بر ارگ ممکن نشد و هنگام رسیدن نیروهای کمکی شورشگران از سارد عقبنشینی کردند. پس از این واقعه ارتش هخامنشی به فرماندهی ارتهبان (اردوان) با همراهی فنیقیها و یونانیان متحدشان به قبرس حمله کرده و همهٔ شهرهای آن را در مدت پنج ماه فتح کردند و آخرین شهر سولوی بود که بیشترین ایستادگی را از خود نشان داد و با تخریب دیوارهای بارویش فتح شد.[۷۰] در همین احوال آرتافرن والی سارد ارتش دیگر پارس را به دو بخش تقسیم کرد، داور فرمانده گروه اول پس از فتح بخشی از هلسپونت به سمت کاریا حرکت کرده و مقاومت این نواحی را درهم شکست و همای سردار دوم به نواحی موسیا حرکت کرده و بدون مقاومت آنچنانی مناطق پروپونت، کیوس و بخشهای باقیمانده هلسپونت را فتح کرد، وی در تروآ بیمار شد و درگذشت. پس از مرگ او، آرتافرن به هوتن مأموریت داد که شهرهای باقیمانده در ایونیه را بگشاید، او هم کلازومنای و کومه را فتح کرد.[۷۱] در سال ۴۹۴ پ.م آخرین شورشیان که در میلتوس مقاوت میکردند، در جنگ لاده از پارسیان شکست خورده و مقر اصلی شورشیان پس از این شکست به سادگی گشوده شد.[۷۲] یک سال پس از ختم شورش ایونیه سردار جوانی به نام مردونیه از هلسپونت گذشته و شورشهای نواحی بین تراکیه تا تسالی را خواباند و تا زمان خشایارشا والی این نواحی بود. آرتافرن نیز همین سیاست را در نواحی اژه پیش گرفت و تا سال ۴۹۰ پ.م، ساموس، اوبه، کریستوس و کل جزایر کوکلاد مستعمره هخامنشیان شد. درست یک سال پس از حمله مردونیه به شمال یونان، داریوش پیکهایی به دولتشهرهای یونانی فرستاد و ایشان را به اطاعت فراخواند و نتیجه آن شد که بیشتر شهرهای یونانی و تمام جزیرههای اژه برای شاه آب و خاک فرستادند و اظهار فرمانبرداری کردند.[۷۳]
در سال ۴۹۱ ارتافرن، داد را برای برقراری نظم در نواحی جنوب شرقی یونان اعزام کرد. بدیع در کتابش به بیاهمیت بودن این عملیات اشاره میکند،[۷۴] داد با ناوگانی متشکل از قوای فنیقی و ایونی به سمت یونان حرکت کرد و این با روش مرسوم پارسیان که همواره بر نیروی زمینی تأکید میکردند تفاوت داشت، ضمناً حمله با نیروی دریایی اهمیت بیشتر جزایر اطراف یونان را نشان میدهد به همین دلیل داد ابتدا ناکسوس و دلوس را تصرف میکند سپس به ارتریا لشکر کشید (که در حمله به شهر سارد حضور داشتند) و با محاصره شهر در شش[۷۵] یا سه روز[۷۶] آن را فتح کرد.
پس از فتح ارتریا داد با پیشنهاد هیپاس والی پیشین آتن به دشت ماراتون وارد شد که منجر به نبرد ماراتون شد، آتنیها هم با ارتش خود و همراهی لشکری از پلاته در ماراتون حاضر شدند. دو لشکر هشت روز روی در روی هم بودند و هنوز سرداران آتن بین اعلام جنگ و اظهار انقیاد تردید داشتند. در شورای جنگی، میلیتیادس با حیلهٔ رأی یازدهم، یک سردار پیر را وارد تصمیمگیری کرد و در نهایت نبرد را تصویب کرد و خودش به عنوان فرمانده کل انتخاب شد. داد که از وعدههای هیپاس (مبنی بر تسلیم شدن آتنیها هنگام حضور او) ناامید شده بود تصمیم به بازگشت گرفت، در این هنگام یونانیان که بازگشت ارتش پارسیان به کشتیهایشان را دیدند شروع به حمله کرده و شش کشتی باری (هرودوت در کتاب خود کشتیها را به اسم نئون بیان کرده که منظور کشتی باری است نه جنگی) را تصاحب کردند. میلیتیادس که پیروزی خود را بسیار بزرگ جلوه داده بود، ارتشی از آتنیان گرفته و به پاروس که مستعمرهٔ پارسیان بود حمله کرد و پس از ۲۶ روز محاصره و زخمی شدن خودش مجبور به بازگشت شد. کسانتیپوس او را به جرم فریب دادن آتنیان و تلف کردن نیروهایشان به دادگاه کشاند و میلیتیادس در این دادگاه به پرداخت ۵۰ تالان نقره محکوم شد. او مدتی بعد در اثر همان زخم جنگ پاروس — احتمالاً در زندان — درگذشت.[۷۷]
داریوش از پروژههای ساختمانی بزرگ در شوش، بابل، میترا (مصر) و پارسه (تخت جمشید) حمایت مالی میکرد. بناهای تاریخی گاهی با الفبا و زبانهای پارسی باستان، ایلامی، بابلی و مصری هیروگلیف نوشته میشد. شمار بسیاری از کارگران و پیشه وران در این پروژهها از تبارهای گوناگون بودند که سبب افزایش پیوندهای فرهنگی میشد. شاه بسیار به کشاورزی دلبستگی داشت. در نامهاش به گاداتس (شهربان آسیای کوچک) او نوشتار اوستایی را بازگو میکند: «زمین خوشحالترین را حس میکند… آنجا که بلال، میوه و چمنزار بروید». او همچنین قانون مصر و دیگر مناطق را سامان بخشید.[۷۸]
داریوش برای فراهم آوردن نظم درست «این جهانی» از تحمل هیچ سختی ای رویگردان نبود. او فرمانروایی بزرگش را تا دورافتادهترین روستاها هم نظم و سامان بخشید. این نتیجهٔ دیوانی بود که حتی از دیدگاه امروزی هم بیهمتا شمرده میشود.[۷۹]
داریوش بزرگ پسر بزرگ ویشتاسپ (فرزند آرشام از نسل خاندان هخامنشی) و روزگونه بود. او سه برادر کوچکتر به نامهای آرتافرنه یکم و اردوان و آرتان داشت. الواح گلی تخت جمشید و گفتههای هرودوت نشان میدهد در زمان به سلطنت رسیدن داریوش پدرش و پدربزرگش زنده بودند. داریوش پیش از به سلطنت رسیدن با دختر گبریاس به نام رتهبامه ازدواج کرد و از او صاحب سه پسر بود. او پس از به سلطنت رسیدن با دختر بزرگ کوروش بزرگ، آتوسا که قبلاً با کمبوجیه دوم ازدواج کرده بود، وصلت کرد و از او صاحب چهار پسر و یک دختر شد. داریوش سپس با دختر کوچک کوروش بزرگ، آرتیستونه ازدواج کرد. البته داریوش در میان همسرانش تنها به آتوسا لقب شهبانو داد و او را بیشتر از همه دوست میداشت و به او قدرت و نفوذ فراوانی در دربارهٔ هخامنشی داد و پسر او خشایارشا را که چهارمین پسر داریوش بود به دلیل آن که اولین شاهزادهای بود که بعد از به سلطنت رسیدنش به دنیا آمد همچنین مادر او آتوسا از فره کوروش بزرگ بود، ولیعهد و جانشین خود قرار داد و او را نسبت به پسر بزرگتر خود آرتهبازان که سلطنت را حق خود میدانست برتری داد.
داریوش در سال ۴۸۶ پیش از میلاد، پس از یک دورهٔ یکماهه بیماری وفات یافت. مقبرهٔ او در دل کوه رحمت در مکانی به نام نقش رستم در مرودشت فارس، نزدیک شیراز است. سر در آرامگاه داریوش همچون دیگر آرامگاهها به شکل چلیپایی بزرگ به بلندای ۲۲ متر و پهنای ۱۱ متر کنده شدهاست. در بخش بالایی نقش برجستهای وجود دارد که در اصل نقاشی شده بودهاست و شاه را در حالت ایستاده بر جایگاهی نشان میدهد که دو ردیف از نمایندگان سی قوم که هویتشان در کتیبهای سه زبانه یاد شدهاست، آن را نگه داشتهاند.[۸۱] وصیتی از زبان داریوش که آخرین آرزویش هم فقط آن بود، بر کتیبهٔ آرامگاه او حک شدهاست: