کتیبه بیستون که گزارش این جنگهای تمامنشدنی است، نشان میدهد که توانایی او در تأمین نظم و امنیت شاهنشاهی، به بهای چه اندازه رنج و سعی مستمر و بیانقطاع، به دست آمدهاست. ساتراپهایی که کوروش بعد از فتح و ضبط ولایات در هر قلمرو تازهای گماشته بود، اکثراً درین ایام، خود رأی شده بودند و سپاه و تجهیزات هم در اختیار داشتند. با مرگ کمبوجیه و قتل کسی که بسیاری از مردم ولایات او را پسر کوروش، شناخته بودند، تعدی این حکام استقلالجوی، به ناخرسندی مردم انجامیده بود و مردم استانها، بهانه برای شورش بدست میآوردند. داریوش مردی جهاندیده بود و با ازدواج با دختر کوروش و با تعدادی از دختران خانوادههای بزرگ پارسی او را در موقعیتی قرار دادهبود که نجبای پارسی و مادی هر یک بخاطر خویشاوندی نسبی یا سببی خویش، نسبت به این پادشاه نوخاسته که در حمایت و تبعیت از وی، همپیمان هم شده بودند، وفادار و حتی علاقهمند بمانند.[۳۶]
در تحریر بابلی کتیبههای بیستون دیده میشود، که داریوش پس از دستگیری فرورتیش دوم، بینی و گوش و زبان وی را بریده و سپس او را به صلیب کشیدهاست. همچنین داریوش پس از دستگیری سیترانتخما (Citrantakhma)، علاوه بر بریدن بینی و گوش وی، چشمانش را نیز درآورده است
بازگرداندن امنیت در تمام این نواحی شورش زده، طبعاً هم ضرورت ایجاد یک سازمان سامانمند اداری را به داریوش الهام کرد و هم وسایل و تجارب لازم را در اختیارش گذاشت.[۳۸] داریوش اهتمام فراوانی از خود برای ساماندهی تشکیلات داخلی کشور به خرج داد بهطوریکه نظام تشکیلاتی که وی بنیان نهاد، مدتها بعد با اندک تغییری، توسط سایر حکومتها از جمله سلوکیه، ساسانیان و حتی اعراب دنبال گردید. داریوش فوقالعاده مراقب بود که از طرف مأمورین دولتی تعدی به مردم نشود و با این مقصود همواره در ممالک ایران حرکت و از نزدیک به امور سرکشی میکرد. نجبا که از این مراقبت شاه دلخوش نبودند او را دورهگرد نامیدند ولیکن مورخان این سخریه را برای او بهترین تمجید میدانند.[۳۹]
در زمان او یک دستگاه منظم اداری در کشور به وجود آمد که تمرکز امور را ممکن میساخت و ظاهراً تا حدی نیز از نظام رایج در مصر که داریوش در جوانی و در ضمن اقامت سه سالهٔ خود در آنجا با آن آشنا شده بود، الهام میگرفت چون نجبا و اعیان پارسی و مادی که غالباً روحیهٔ نظامی داشتند، به کارهای دبیری تن درنمیدادند، این کار به دست اقوام تابع افتاد و اقوام عیلامی که درین امور سررشته را به دست گرفتند، زبان عیلامی را در قلمرو هخامنشیها زبان دیوانی و اداری کشور کردند.[۴۰] داریوش در طول ۳۶ سال پادشاهی خود، اقداماتی به شرح ذیل انجام داد.